Cá cơm Phú Quốc thường được ướp với muối Bà Rịa - Vũng Tàu, có hàm lượng tạp chất thấp. Muối cũng được lưu kho không ít hơn 3 tháng để các muối tạp gốc Can-xi và Ma-giê - vốn tạo ra vị chát trong nước mắm - lắng xuống dưới. Khi sử dụng để muối cá, phần muối lắng ở dưới sẽ bị bỏ đi.

Cá cơm đã được ướp muối gọi là chượp. Khi tàu cá cập bến, chượp được đưa vào thùng gỗ để ủ theo phương pháp gài nén (đặt vỉ và xếp đá trên mặt đã rải một lớp muối). Quy trình ủ chượp tiêu chuẩn ở Phú Quốc là 12 tháng, cá biệt tới 15 tháng. Sau thời gian này, nước mắm mới được rút: ban đầu là nước mắm cốt có độ đạm trên 30, tiếp đến là nước mắm long có độ đạm trên 20. Sau khi đã kéo rút kiệt đạm trong chượp, các loại nước mắm mới được đấu trộn lại để có độ đạm theo tiêu chuẩn.

Bằng phương pháp kéo rút nước nhất - phơi - đổ lại vào thùng mắm cái, một số nhà sản xuất ở Phú Quốc đã cho ra nước mắm có độ đạm tổng tới 42o, cao nhất bằng cách chế biến tự nhiên [4].